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과점주주 제2차 납세의무 통지, 조세불복 취소 대응법

법인이 납부하지 못한 세금에 대해 과점주주로 지정되어 제2차 납세의무 고지서를 받았을 때, 실질과세원칙에 입각하여 명의신탁 및 경영 불관여를 입증해 불복 청구로 취소시키는 법적 대응 방안을 상세히 제시합니다.

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법인의 세금 체납과 과점주주 제2차 납세의무 지정의 법적 위험

주식회사는 원칙적으로 독립된 법인격을 가지며 주주는 자신이 인수한 주식의 인수가액을 한도로 유한책임을 부담하는 것이 회사법의 대원칙입니다. 그러나 세법에서는 이러한 유한책임 원칙을 악용하여 법인 명의로 조세를 체납하고 재산을 은닉하거나 사업을 폐업하는 행위를 방지하기 위해 특수한 보충적 납세의무 제도를 두고 있습니다. 과세관청은 법인의 재산으로 체납된 국세를 충당하여도 부족한 경우, 당해 법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 과점주주에게 그 부족액에 대해 제2차 납세의무를 지정하고 납세고지서를 발부합니다. 이와 같은 처분을 받게 되면 개인은 법인의 막대한 법인세나 부가가치세 체납액을 자신의 개인 재산으로 강제징수당할 위기에 직면하게 됩니다. 특히 단순한 명의대여자, 친인척이라는 이유로 주주명부에 등재되었을 뿐 실제 경영에는 전혀 관여하지 않은 소수지분자, 혹은 경영권을 완전히 상실한 주주에게까지 제2차 납세의무가 지정되어 극심한 재산권 침해가 발생하는 사례가 실무상 빈번히 발생합니다. 제2차 납세의무 지정 통지는 단순한 통보가 아니라 국세징수법상 독립된 행정처분이므로, 이에 불복하여 취소시키기 위해서는 처분의 적법 요건과 법리적 흠결을 정밀하게 분석하여야 합니다. 납세자는 처분 통지를 받은 날로부터 90일이라는 엄격한 제척기간 내에 이의신청, 심사청구 또는 조세심판원 심판청구를 제기하여 실질주주가 아니라는 사실이나 과점주주 요건의 결여를 증명해야 합니다. 세무 전문가의 시각에서 조세불복 절차를 철저히 밟아 나가지 않으면 거액의 조세채무를 고스란히 떠안게 되므로 초기 대응이 무엇보다 중요합니다.

핵심 용어 정리

제2차 납세의무

주된 납세의무자가 국세나 지방세 등 조세를 체납하고 그 본래 납세의무자의 재산에 대하여 체납처분을 집행하여도 징수할 금액에 미치지 못하는 경우에, 주된 납세의무자와 밀접한 관계가 있는 제3자에게 그 부족분에 대하여 보충적으로 부과되는 납세의무를 의미합니다. 국세기본법 제39조는 무한책임사원 및 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 경영에 지배적 영향력을 행사하는 과점주주 등을 출자자의 제2차 납세의무 대상자로 규정하고 있습니다. 이는 주된 납세의무자의 납세의무에 대한 종된 성질의 보충적 납세의무이므로, 주된 납세의무의 성립 및 징수 부족 요건이 객관적으로 충족되어야만 비로소 성립합니다.

과점주주

주주 또는 유한책임사원 등 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들을 말합니다. 국세기본법 제39조 제2호에 따르면 과점주주는 해당 법인의 주식을 50퍼센트 초과하여 보유하는 것만으로 획일적으로 결정되는 것이 아니며, 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 요건을 갖추어야 합니다. 실무상 주주명부상 지분 합계가 50퍼센트를 넘더라도 실제 권리 행사가 배제된 명의차용 주주라면 과점주주 책임에서 제외될 수 있습니다.

실질과세의 원칙

과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다는 조세법의 기본 원칙입니다. 국세기본법 제14조 제1항은 '과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다'고 규정하고 있습니다. 제2차 납세의무 사건에서는 주주명부나 법인등기부상 명의와 관계없이 실제로 주식 대금을 납입하고 배당을 받거나 주주총회 의결권을 행사하는 등 주식의 실질적 소유권자가 누구인지를 가리는 핵심 법리로 작용합니다.

심층 분석

과점주주에 대한 제2차 납세의무 지정처분의 적법성을 다투는 조세불복의 핵심은 '보충성의 원칙 충족 여부', '납세의무 성립일 현재의 과점주주 해당 여부', 그리고 '실질적 권리행사 여부'라는 세 가지 법리적 축으로 구성됩니다. 첫째, 과세관청이 법인의 체납 세금에 대해 제2차 납세의무를 부과하려면 먼저 주된 납세의무자인 법인의 재산에 대해 철저한 조사를 거쳐 강제징수를 집행하였음에도 징수할 금액에 부족하다는 '체납처분 후 부족' 요건이 객관적으로 증명되어야 합니다. 법인의 재산으로 충당하여도 부족한 경우에 한하여 2차적인 납세의무가 성립하므로, 과세관청이 법인 명의의 유효한 부동산, 매출채권, 예금채권 등에 대한 실질적인 압류 및 추심 절차를 다하지 아니한 채 만연히 제2차 납세의무를 지정한 처분은 보충성 요건을 결여한 위법한 처분으로 취소 대상이 됩니다. 둘째, 제2차 납세의무를 부담하는 과점주주인지 여부는 주된 납세의무의 성립일 현재를 기준으로 판단합니다. 예컨대 부가가치세의 경우 각 과세기간이 끝나는 때, 법인세의 경우 사업연도가 끝나는 때에 납세의무가 성립합니다. 따라서 세무서의 고지일 당시에 과점주주였다 하더라도, 세금의 본래 성립일 당시에 주식을 양도하여 지분이 50퍼센트 이하로 변동되었거나 특수관계가 해소되었다면 과점주주로서의 납세의무를 지지 않습니다. 셋째, 실무상 가장 치열하게 다투어지는 쟁점은 '실질주주 여부' 및 '경영 지배적 영향력 행사 여부'입니다. 국세기본법 제39조 제2호는 지분 50% 초과뿐만 아니라 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사할 것을 명시하고 있습니다. 과세관청은 주주명부나 주식변동상황명세서를 토대로 지분 합계가 50퍼센트를 초과하면 기계적으로 과점주주 지정을 통지하는 경향이 있으나, 국세기본법 제14조 제1항의 실질과세원칙에 따라 주주명부에 등재되어 있는 명의상의 주주에 불과하고 실제로는 타인의 주식을 명의신탁받았거나 경영에 관여하지 않은 형식적 주주인 경우에는 제2차 납세의무를 부담하지 아니합니다. 넷째, 과점주주 집단 내부의 지분율 안분 계산의 정당성도 검토해야 합니다. 과점주주가 부담할 한도는 체납된 세액 중 해당 과점주주의 지분 비율에 해당하는 금액에 한정되므로, 과세관청이 발행주식 총수를 잘못 산정하거나 비특수관계인의 지분을 오산하여 산출액을 과다하게 책정한 경우 그 초과분에 대해 취소를 구할 수 있습니다. 이처럼 제2차 납세의무 불복은 조문의 엄격한 요건 사실과 실제 사실관계를 치밀하게 대조하는 고도의 법리적 논증이 요구됩니다.

절차 안내

1

지정 통지서 및 납세고지서 수령과 쟁점 파악

과세관청으로부터 제2차 납세의무자 납부고지서 등을 송달받으면 즉시 고지서에 기재된 세목, 체납 세액, 과세기간, 납세의무 성립일, 지분율 산정 내역을 확인해야 합니다. 국세기본법 제55조 제2항 제1호에 따라 제2차 납세의무자로서 납부고지서를 받은 자는 불복을 청구할 수 있으며, 처분의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기해야 하므로 기산점을 명확히 기록하고 주된 법인의 체납 내역과 처분의 타당성을 우선 검토합니다.

2

실질주주 배제 및 경영권 부존재 증빙 자료 수집

자신이 명의대여자이거나 형식적 주주에 불과함을 입증하기 위해 객관적 금융자료와 문서 증거를 광범위하게 확보해야 합니다. 법인 설립 당시 주금납입 계좌 내역, 주식대금 송금 영수증, 실제 사주와의 명의신탁 확인서 또는 대화 녹취록, 근로계약서, 건강보험 자격득실확인서(타 사업장 재직 증명), 주주총회 의사록 위조 정황 등을 수집하여 실질과세원칙에 부합하는 증거 편철을 구성합니다.

3

법인의 잔여재산 및 징수 부족 요건 결함 입증

과세관청이 주된 납세의무자인 법인의 자산에 대해 충분한 압류 및 징수 조치를 이행했는지 파악합니다. 국세기본법 제39조에 따른 출자자 책임 요건을 다투기 위해 법인 소유의 미수채권, 보증금, 부동산 등 환가 가능한 자산이 존재함에도 과세관청이 이에 대한 징수를 게을리한 채 제2차 납세의무를 지정했음을 지적하는 서면을 작성합니다.

4

조세심판원 심판청구 또는 국세청 심사청구 제기

국세기본법 제55조에 따라 이의신청을 거치거나 직접 심사청구 또는 심판청구서를 접수하며, 청구서에는 국세기본법 제39조 제2호의 과점주주 요건 결여, 국세기본법 제14조에 따른 명의신탁의 실질 등을 상세히 논증합니다. 국세기본법 제61조에 따른 90일의 청구기간을 엄수하여 청구서를 제출하고 경영에 지배적 영향력을 행사하지 아니하였음을 적극 진술하여 인용 결정을 이끌어냅니다.

핵심 법령

아래 법령 조문은 게시 전 국가법령정보센터(law.go.kr)와 실시간 대조하여 실존을 확인했습니다.

국세기본법 제39조

무한책임사원 또는 주주 등 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자의 소유주식 합계 등이 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 과점주주 등을 제2차 납세의무자로 규정합니다.

국세기본법 제14조

과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다는 실질과세의 원칙을 규정합니다.

국세기본법 제55조

위법 또는 부당한 처분을 받거나 권리·이익을 침해당한 자 및 제2차 납세의무자로서 납부고지서를 받은 자 등 이해관계인이 처분의 취소 또는 변경 등을 청구할 수 있는 불복 절차를 규정합니다.

국세기본법 제61조

심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 하며, 이의신청을 거친 경우 결정 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 함을 규정합니다.

실무 주의사항

자주 묻는 질문

단순히 지인의 부탁으로 주주명부에 이름만 올려두었는데, 법인 체납 세금을 개인이 전부 물어내야 하나요?

주주명부에 등재되어 있다는 사실만으로 무조건 체납 세금을 물어내야 하는 것은 아닙니다. 국세기본법 제14조 제1항의 실질과세원칙에 따라 주금을 실제로 납입하지 않고 주주로서의 권리를 행사한 적이 없는 형식적 명의대여자에 대해서는 실질적인 납세의무를 부과할 수 없습니다. 다만 과세관청은 공부상 명의를 기준으로 처분하므로, 납세자가 주식 양수도 대금 흐름이 없었다는 점, 배당을 받지 않았다는 점, 회사 경영에 지배적 영향력을 행사한 사실이 없다는 점을 객관적 서류로 적극 입증하여 90일 내에 조세불복을 제기해야 구제받을 수 있습니다.

법인의 지분을 10%만 가지고 있는 소수주주인데도 과점주주로 지정되어 고지서를 받을 수 있나요?

본인 단독 지분율은 10%에 불과하더라도, 국세기본법 제39조 제2호에 따라 주주 1명과 특수관계인의 소유주식 합계가 100분의 50을 초과하고 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 과점주주 집단에 속한다면 제2차 납세의무자로 지정될 수 있습니다. 그러나 해당 주주가 경영에 실질적인 영향력을 행사할 수 없는 위치에 있었거나 명의만 대여한 사정이 증명된다면 책임에서 벗어날 수 있습니다.

제2차 납세의무 처분에 대해 조세불복을 제기하면 당장 제 개인 재산 압류가 자동으로 중단되나요?

국세기본법 제55조에 따른 심판청구나 심사청구를 제기하더라도 법률상 처분의 집행이 자동으로 정지되는 것은 아닙니다. 따라서 과세관청은 체납처분 절차를 진행하여 개인 재산을 압류할 수 있으므로, 납세자는 불복 청구와 병행하여 징수유예나 매각유예를 신청하는 등 재산 압류를 선제적으로 방어하기 위한 절차를 밟아야 합니다.

법인이 이미 폐업하고 파산 선고를 받았는데도 과점주주에게 세금이 넘어올 수 있나요?

법인이 폐업하거나 무자력 상태가 되더라도 세금의 납세의무 성립일 현재 국세기본법 제39조 제2호의 과점주주 요건을 충족하였다면 제2차 납세의무가 성립할 수 있습니다. 법인의 재산으로 국세에 충당하기 부족한 상태가 발생하기 때문입니다. 다만 파산재단을 통해 변제 가능한 잔여재산이 존재하는지, 징수 부족액의 산정이 정당한지 여부를 엄밀히 따져 다투어야 합니다.

제2차 납세의무 취소 청구 시 이의신청을 거치지 않고 곧바로 조세심판원에 갈 수 있나요?

네, 가능합니다. 국세기본법 제55조 제3항에 따르면 심사청구 또는 심판청구에 앞서 이의신청을 할 수 있도록 규정하고 있으므로, 이의신청은 필수 절차가 아닌 임의적 절차입니다. 따라서 처분의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 이의신청을 거치지 않고 국세청 심사청구나 조세심판원 심판청구를 곧바로 제기할 수 있습니다.

담당 AI 전문 리더

도울

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L24 · 조세불복 전문 리더

대한민국 변호사급 / 조세심판원 상임심판관 출신급
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본 내용은 일반적인 법률 정보이며, 구체적인 사안에 대한 법률 자문은 전문가와 상담하시기 바랍니다.